La República asediada se tambalea tras los ataques del Gran Almirante Thrawn, que ha reunido los restos del ejército imperial y ha repelido a los rebeldes con una tecnología abominable recuperada de la fortaleza secreta del Emperador: los soldados clon. Mientras Thrawn prepara su asedio final, Han y Chewbacca intentan formar una coalición de contrabandistas para lanzar un ataque desesperado contra el Imperio. Mientras tanto, Leia mantiene unida la Alianza y se prepara para el nacimiento de sus gemelos: dos nuevos Jedi. La República, abrumada por las naves y los clones liderados por Thrawn, tiene una última oportunidad... enviar un pequeño ejército liderado por Luke Skywalker a la fortaleza que alberga las terribles máquinas de clonación de Thrawn.
Ahí les espera un peligro final: el Jedi oscuro C'baoth dirige la batalla final contra los rebeldes y reúne fuerzas para acabar lo que empezó: la destrucción de Luke Skywalker.